Würzberg ist der südöstlichste Stadtteil von Michelstadt. Die Gemarkung erstreckt sich in Nord-Süd-Richtung auf einer Länge von acht Kilometern entlang der hessisch-bayerischen Landesgrenze auf dem Höhenzug, der das Mümlingtal im Westen vom Mudtal im Osten trennt. Die höchste Erhebung liegt mit 544 Metern im Westen der Gemarkung im Wald beim Friedhof und hat wegen ihrer geringen Schartenhöhe keinen eigenen Namen; der Rote Buckel südöstlich davon erreicht 540,2 Meter.

Der Hauptteil der Gemarkung entwässert nach Osten über Mangelsbach und hauptsächlich Heinstermühlbach (früher auch Steinbächel genannt),^[3] die im Waldbach zusammenfließen, in Richtung Mud und Main. Wo der Heinstermühlbach nach Bayern hin bei der namengebenden ehemaligen Mühle die Gemarkung verlässt, befindet sich mit ca. 370 Höhenmetern der tiefste Punkt des Ortes. Lediglich ein kleiner Zipfel im Süden Würzbergs mit der Quelle der hier Euterbach genannten Itter entwässert Richtung Neckar; der Euterbach verlässt die Gemarkung im Eutergrund in ca. 403 Höhenmetern. An einigen Stellen in der Gemarkung gibt es in Senken im Gelände keine unmittelbare Entwässerung durch ein Fließgewässer. Dort bestanden historisch Hochmoore, die allerdings heute als prägende Landschaftsform durch Kultivierungsmaßnahmen weitgehend verschwunden sind. Nur im Gemarkungsteil mit dem Namen Mies (süddeutsch = ’Sumpf‘, ’Moor‘) sind zwischen dem Römerkastell und der Quelle des Euterbachs noch kleine Reste mit der typischen Vegetation (u. a. Torfmoose, Wollgräser, Arnika und Rundblättriger Sonnentau) anzutreffen, der größte Teil ist dort jedoch nach Nadelholz-Bepflanzung seit dem 19. Jahrhundert und Wiesennutzung trockengefallen. Die Flurbezeichnung Wasserlöcher nordöstlich des Römerkastells, heute Ackerland, erinnert ebenfalls noch an den alten Zustand. Auch beim Gelände des seit Anfang des 19. Jahrhunderts angelegten Eulbacher Parks und seiner Umgebung handelt es sich größtenteils um eine ehemalige Hochmoorfläche.

Die Feldflur von Würzberg zeigt das typische Streifenmuster eines Waldhufendorfes.^[4][5] An ihm orientiert sich der höher gelegene und ältere Teil des Ortes als ein in einer leichten Einsenkung der so genannten Würzberger Platte^[6] angelegtes Reihendorf. Im 19. Jahrhundert siedelten sich im tiefer gelegenen Teil der Rodungs- und Siedlungsfläche im Südosten kleinere Hausbesitzer an, die mehrheitlich als Tagelöhner und Kleingewerbetreibende – zum Teil verbunden mit einer Kleinlandwirtschaft – ihren Lebensunterhalt verdienten. Dieser im örtlichen Sprachgebrauch „Vorstadt“ genannte Bereich durchbricht durch seine unregelmäßige Struktur das an den Hufen ausgerichtete sonstige Siedlungsbild.

Zur Gemarkung Würzberg zählen die beiden eingemeindeten Weiler Mangelsbach und Eulbach (der letztgenannte an der Stelle eines im Dreißigjährigen Krieg abgegangenen eigenständigen Dorfes), ebenso die östlich des Euterbachs gelegenen vier Häuser in der Tallage Eutergrund (die westlich gelegenen Häuser bilden den Ortsteil Bullauer Eutergrund und gehören politisch zur Kreisstadt Erbach). Weiterhin sind als weitab vom Dorf liegende bewohnte Einzellagen zu nennen: die Heinstermühle im Tal des nach ihr benannten Bachs unmittelbar an der Grenze zu Bayern, das ehemalige Torwärterhaus Hubertus, an einem Waldweg nach Bullau an der Grenze zwischen den erbach-erbachischen und erbach-fürstenauischen Waldbesitzungen gelegen, und das Forsthaus Sylvan im Wald nahe Eulbach, unmittelbar an der Gemarkungsgrenze an einem alten Fußweg nach Michelstadt. Zwei weitere Wohnplätze, das Forsthaus Lichte Platte^[7] an der Straße von Eulbach nach Norden an der Grenze zur historischen Herrschaft Breuberg und das Torwärterhaus Aurora an der Straße von Eulbach Richtung Osten nach Amorbach an der Grenze zu Bayern, wurden in den Jahren 1919 und 1920 aufgegeben und zum Abbruch versteigert.