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Nilkheim ist ein Stadtteil der kreisfreien Stadt Aschaffenburg mit 5.214 Einwohnern (31. Dezember 2021[1]) und gehört zum Regierungsbezirk Unterfranken im Freistaat Bayern der Bundesrepublik Deutschland. Die Postleitzahl lautet 63741.
Der Stadtteil liegt auf der linken Mainseite in der historischen Region Bachgau. Nilkheim grenzt im Süden an die Gemeinde Niedernberg im Landkreis Miltenberg, im Westen dem Verlauf der Kreisstraße AB 16 folgend an den Markt Großostheim und südlich der B 26 an den Markt Stockstadt am Main im Landkreis Aschaffenburg und im Norden an die Darmstädter Straße und damit an den Stadtteil Leider der Stadt Aschaffenburg. Das Kreisgebiet umfasst im Westen die Mainniederung, im Norden den Kahlgrund und reicht im Osten bis in die Höhenlagen des Spessarts. Im Rohrbrunner Forst hat der Landkreis Anteil am Geiersberg (586 m ü. NN), dem höchsten Spessartgipfel. Über 200 km² des Kreisgebietes sind gemeindefreie Forstgebiete. Der Main bildet teilweise die Grenze zu Hessen. Zwei Gemeinden im Südwesten liegen links und westlich des Mains, Stockstadt und Großostheim. Hier hat der Landkreis einen kleinen Anteil am nordöstlichen Rand des Odenwaldes. In der Gemarkung Wenigumstadt erreicht der Odenwald eine Höhe von 280 Meter. An der Einmündung der Kahl in den Main liegt auf einer Höhe von etwa 102 Meter der niedrigste Punkt des Landkreises und des gesamten Freistaats. Südlich davon befindet sich im Karlsteiner Ortsteil Großwelzheim der westlichste Punkt von Bayern.